Este fragmento encuentra su justificación en la Metafísica cartesiana, de corte racionalista, en su ontología y su antropología. La Metafísica de Descartes tiene un enfoque claramente epistemológico: se trata de la ciencia de los principios del conocimiento, que permitirá reformar la filosofía para poder distinguir con claridad lo verdadero de lo falso. Ya que todas las ciencias toman sus principios de la filosofía, fundamentar el saber sobre bases firmes, y unificar todas las ciencias en una ciencia universal requiere el trabajo previo de establecer las verdades absolutas como cimientos para el edificio del saber, como raíces del árbol del conocimiento.
El problema abordado en el fragmento, la naturaleza del yo, qué puede ser examinado y tomado como evidente, desde el punto de vista de la razón, remite a un problema más general y básico en Descartes: qué puede ser conocido como verdadero sobre la realidad, la verdad en el conocimiento. Este problema está detrás de todo el Discurso del Método.=>
En su parte II, Descartes considera que un método claro y fácil de usar para distinguir el error de la verdad es necesario. Ya que la facultad que nos permite distinguir el error de la verdad es la razón, el método tiene que ser racional, tiene que basarse en sus procedimientos básicos, y Descartes se inspira en las matemáticas. Las cuatro reglas deben ser observadas siempre en el ámbito del conocimiento. De las cuatro reglas, la primera resulta fundamental, pues nos marca el criterio de verdad y nos avisa de dos fuentes de error: la precipitación y la prevención. En este fragmento, Descartes tiene continuamente en cuenta esa regla, pues nos dice que en el examen de lo que el yo era, tuvo en cuenta tomar por verdad aquello que se sigue con evidencia y certeza, aquello que no se puede dudar, aquello que no se puede fingir que no es o que es falso. El resto de las reglas están encaminadas a obtener verdades: descomponer lo complejo en ideas claras y distintas, para después encadenar de manera lógica las ideas claras y distintas halladas tras el análisis, teniendo siempre cuidado en repasar el análisis y la síntesis.
La Ontología cartesiana está basada en el concepto de sustancia, concepto al que alude en el fragmento. La Ontología cartesiana distingue 3 sustancias. En este fragmento se identifica una de ellas: la sustancia pensante, la res cogitans. Las otras dos sustancias, Dios como res infinita y el mundo como res extensa, las extrae Descartes del análisis de las ideas del yo. Una vez que se ha mostrado la existencia del yo, el hallazgo de más verdades pasa por el análisis de las ideas que tiene el yo, para ver si alguna es tan clara y distinta como el cogito. El pensamiento es una idea innata, clara y distinta, y Descartes encuentra a continuación la idea de Ser perfecto. No procede de mí, que soy imperfecto, no procede de la experiencia, donde no hay nada perfecto.–Por tanto, tras el análisis de las ideas del yo, concluimos en una Ontología que muestra un signo dualista: la res cogitans y la res infinita son inmateriales, la res extensa es material. La inmaterialidad de la res cogitans aparece claramente en el texto: la naturaleza del yo es el pensar, no depende de cosa material, puedo fingir que no hay materia, y eso no impide, sino que reafirma, la evidencia del yo como sustancia pensante.=>
Dios es inmaterial, pues al ser perfecto, no tiene composición, ni extensión. El mundo sí, es res extensa, sometida a leyes mecánicas. La realidad inmaterial es libre. Todas las sustancias tienen un atributo o naturaleza que le es propia, que constituye su esencia, y la determina a ser como es. En el texto aparece el atributo de la sustancia pensante: el pensamiento, pues yo es una sustancia cuya esencia o naturaleza no reside sino en pensar. El atributo de Dios es la infinitud. El de la materia la extensión.
–La consideración de las tres sustancias lleva a la antropología cartesiana, presente en el fragmento. El dualismo ontológico lleva a un dualismo antropológico: el yo, la sustancia pensante, es el alma.
Como aparece en el texto, es esencialmente diferente del cuerpo, es independiente de él, existe de manera separada, no lo necesita para existir. Aunque en sentido propio sustancia sólo sería Dios, al no necesitar el alma del cuerpo ambas son consideradas sustancias distintas que componen al ser humano. El alma y el cuerpo sólo dependen ontológicamente de Dios.
El cuerpo es res extensa, como un autómata, regido por leyes mecánicas, susceptible de ser estudiado por la Física. El alma es inmaterial, inmortal y libre. Pero, aun siendo radicalmente opuestos, están íntimamente unidos. Para Descartes, la influencia mutua hace que el alma, en relación con el cuerpo, no pueda ser interpretada como un piloto en una nave, y su uníón profunda con el cuerpo hace que un dolor o una pasión corporal sean vividos por el yo como su dolor y su pasión. Descartes hipotetiza que la glándula pineal es el punto en el que interactúan el alma y el cuerpo, el lugar en el que el entendimiento y la voluntad como modos del pensamiento actúan sobre el cuerpo y pueden verse afectados por el cuerpo.