Descartes ha descubierto que todo el patrimonio del conocimiento humano se asienta sobre arena y barro. Por ello busca un nuevo centro de gravedad sobre el que se apoye el conocimiento humano. Este punto de apoyo será la conciencia, el yo, el sujeto. El proyecto cartesiano produce un giro en la historia de la filosofía, supone una reconstrucción del saber, lo que incluye la unificación de todas las ciencias en una sola, pues según Descartes, existe un método universal para todas ellas.

En esta cuarta parte IV del discurso del método, Descartes  aborda los fundamentos de su metafísica siguiendo las reglas del método propuestas en la segunda parte. Establece el cogito como primera verdad y criterio de verdad, a partir del cual se deduce la existencia del alma, de Dios y del mundo. Según Descartes, la mente cuenta con dos capacidades: la intuición, acto de la razón por el que captamos de manera clara y distinta (sin necesidad de pruebas) una idea; y la deducción que extrae conclusiones a partir de principios intuidos.

Descartes propone un nuevo método con una reglas para emplear de forma correcta estas dos operaciones mentales, de esta forma la mente será infalible. En la II parte del Discurso del método, reduce las reglas a cuatro:

Las dos primeras están referidas a la intuición (evidencia y análisis): la mayor regla de la evidencia es aceptar solo aquellas ideas claras y distintas, evitando la precipitación y prevención; la regla del análisis consiste en dividir el problema en sus elementos simples para poder intuirlo con facilidad.

Las dos últimas reglas están referidas a la deducción (síntesis y enumeración): la regla de la síntesis trata de componer y conocer lo complejo a partir de lo simple, mediante deducciones para alcanzar la solución final; y la regla de la enumeración consiste en hacer revisiones generales que nos aseguran la verdad de la solución.

A partir de aquí comienza la fase crítica o destructiva cartesiana, en  la que considera provisionalmente falso todo lo que anteriormente había creído firmemente (duda metódica) con el objetivo de encontrar una verdad de la que ni pudo dudar para construir su nueva filosofía. 

Descartes duda así de los sentidos, causa de engaños y percepciones erróneas (palacio de los sentidos). Después pone en duda la distinción entre los estados de vigilia y sueño, entre lo real y lo que no lo es (duda de la existencia de los objetos: hipótesis onírica). Tras esto duda de la verdad de las proposiciones matemáticas (certeras y exactas),  pues la razón puede confundirse, según Descartes, e inducir a error, debido a la acción de un genio travieso que provoca errores en la mente, permitido por un Dios engañador (hipótesis del genio maligno).

Entonces Descartes  se da cuenta de que puede dudar de todo excepto de que está dudando, es decir, si duda es porque piensa y si piensa es porque existe. Alcanza así la primera verdad: “cogito ergo sum”, primer principio, base y fundamento de la filosofía de Descartes. A partir de aquí comienza su fase constructiva. De la primera verdad surgen dos evidencias: establece una relación de identidad entre el pensamiento y el yo (conciencia implica existencia); y establece que todo lo que percibe  de forma clara y distinta es verdadero, constituyendo así el criterio de certeza. 

De este modo “pienso luego existo” es una intuición de una evidencia pues hace surgir a partir del pensamiento y la duda, el ser y la certidumbre.

Pensar y ser se producen de manera simultánea no son una consecuencia de la otra. 

Hay que resaltar la importancia del cogito a varios niveles:

Metodológico: el cogito es la primera verdad a nivel metodológico, es el punto de partida de un sistema deductivo pues su verdad es evidente. Aun el genio maligno no podría engañarlo en este punto, ya que para poder engañarlo tendría que existir.

Ontológico: el cogito es “res cogitans” una cosa pensante. Esta Concepción es diferente a la del Realismo tradicional. Para el Racionalismo, la realidad no es algo dado sino algo que hay que conquistar con el pensamiento. Aparece un nuevo tipo de ser, el ser del pensamiento puro que no es el contenido de la conciencia sino el continente. 

Antropológico: El cogito concibe al ser humano como un alma cuyo mayor atributo es el pensamiento, con ello Descartes formula el antropocentrismo que caracteriza a la modernidad. La subjetividad aparece como fundamento del conocimiento y de la moral.

Gnoseológico: es la relación del sujeto-objeto,  prima claramente el sujeto a la hora de conocer, lo primero que conoce el sujeto es a sí mismo, no a las cosas ni al objeto.

Epistemológico: el cogito aparece como la primera verdad, filosófica y científica. Es criterio de certeza y fuente de todas las ciencias. Es la evidencia misma que sirve de modelo para cualquier otra, lo único absolutamente cierto, que estableció así a la mente como ámbito de toda la verdad.

Pero el principal problema al que se enfrenta la filosofía de Descartes ahora que lo único que existe es el yo pensante, es si lo pensado por el pensamiento y en el pensamiento existe verdaderamente o no.

El criterio de certeza le proporciona una herramienta metodológica de primer orden para continuar con la búsqueda de verdades. La verdad que seguirá al cogito será la existencia de Dios.