Decepción y desorientación es el resultado de sus años de estudios. La solución la encontrará en su razón:
La ‘’facultad de juzgar y distinguir lo verdadero de lo falso’’. La razón es una y la misma para todos los hombres y su uso correcto, el método, será también uno y el mismo para todas las ciencias, que, en el fondo, no son sino una y la misma.

El mismo año de su partida a Holanda, Descartes ya tiene redactada las Reglas para la dirección del espíritu, en la que aparece el método (36 reglas). Una vez formulado el método, Descartes se propone fundamentarlo filosóficamente, que no es sino la fundamentación filosófica de la razón misma, y, en definitiva, de la ciencia.
El punto de partida de la fundamentación filosófica del método será poner en duda que este pueda alcanzar la verdad indubitable. No es una duda escéptica puesto que no niega toda posibilidad del conocimiento, sino metódica porque es el punto de partida de una investigación, y voluntaria porque se quiere dudar de forma radical para ver si de esta forma se consigue alcanzar una verdad.La duda metódica es la duda acerca de la posibilidad de alcanzar la verdad. Surge, cuando una vez repasados todos los conocimientos que hay en él, llega a la conclusión de que no hay ninguno indubitable. Duda de:• las ideas empíricas, porque tienen su origen en los sentidos que nos engañan. La consecuencia de este primer nivel de duda es que debemos dudar de que las cosas sean como las percibimos..• la existencia de un mundo extramental, porque no es posible distinguir el sueño de la vigilia. Hemos de dudar, por consiguiente, del mundo que nos rodea, el mundo material, incluido nuestro propio cuerpo. • las ideas matemáticas, es decir la razón misma, porque puedo equivocarme al razonar cometiendo paralogismos o xq puede haber un Dios engañador que me engaña. Pese a llevar la duda hasta el punto de dudar de la razón misma no cae en el escepticismo, sino que encuentra una verdad indubitable: para dudar ha de pensar, y si piensa existe: ‘’cogito ergo sum’’. Así, la primera certeza que Descartes alcanza es la existencia del sujeto que piensa. Esta verdad resiste cualquier duda, incluso la hipótesis del genio maligno, pues el propio hecho de dudar prueba su verdad. Todo lo que pienso puede ser falso, pero de lo que no cabe duda es de que yo pienso, por tanto, no puedo dudar de mi existencia como sujeto que piensa. El “cogito ergo sum” es una verdad inmediata conocida mediante la intuición, es decir, el cogito se capta de forma inmediata pues hay una relación necesaria entre pensar y ser. Además, esta primera verdad es evidente porque es clara y distinta. Ha superado todos los momentos de la duda, convirtiéndose en el punto de apoyo sobre el que edificar la filosofía como ciencia. Se ha puesto en duda que el yo es pensamiento (pensar es tener ideas, entender, querer, imaginar y sentir). Esta primera certeza la va a considerar su criterio general de certeza: “las cosas que percibimos muy claras y distintamente son todas verdaderas”, siendo esta la forma como percibimos el cogito. En resumen: el cogito no sólo es lo que yo soy (una cosa que piensa) sino también un criterio de certeza. Es una verdad ontológica y gnoseológica. Queda, así, fundamentada la primera regla del método (una idea es verdadera si es clara y distinta) en el proceder riguroso de la razón, y con ella el criterio de certeza, primera y fundamental regla del método. Descartes elabora una filosofía en la que el ‘’yo’’ es la primera certeza que se alcanza y el punto de partida de la investigación filosófica. Para la Filosofía Moderna a partir de Descartes es el hombre, entendido como yo pensante, sujeto pensante o conciencia. La noción de certeza es fundamental en la filosofía de Descartes. Está en estrecha relación con la ciencia y el método. El rasgo fundamental de la ciencia es la certeza, es decir, la imposibilidad absoluta de dudar. Las dos únicas ciencias ciertas para Descartes sean la Aritmética y la Geometría, porque en ellas se experimenta la certeza. Al analizar el proceder de los matemáticos obtendrá las reglas del método. Ambas ciencias, la Aritmética y la Geometría, son ejemplos, de una ciencia universal llamada Mathesis Universalis que contiene los primeros rudimentos de la razón humana. En cuanto al método encontrado en el proceder riguroso de los matemáticos, no es un método cualquiera, sino aquel que se funda en la estructura proceder mismo de la razón, la cual tiene dos procedimientos u operaciones básicas, la intuición y la deducción. Nada tiene que ver este método con la inducción de Francis Bacón, que duda de lo que nos dan los sentidos, ni con el silogismo aristotélico-escolástico que se limita a repetir lo ya sabido. La intuición es el acto de la razón mediante el cual captamos inmediatamente un concepto o idea tan clara y distintamente que no nos cabe de ella la menor duda. A estos conceptos o ideas (objetos de la intuición), Descartes los llama ‘’naturalezas simples’’, y son la figura, la extensión y el movimiento aquellos conceptos a partir de los cuales se compone todo lo demás. Intuimos una idea, cuando es clara y distinta, es evidente. Este será el criterio de certeza: La